Bonjour Olivier,
Plusieurs informations manquent pour vous répondre, mais la principale serait de savoir de quel temps vous disposez réellement pour le séjour en Croatie et les étapes éventuelles entre Munich et la Croatie car la route est finalement assez longue?!
Quels sont vos goûts et vos envies et avez-vous déjà défini une base d’itinéraire pour voir un peu ce que vous avez prévu et pour vous proposer des alternatives ?

Vous ne donnez vraiment pas assez d’informations pour que je puisse vous aider concrètement, mais voici ce que je ferais comme circuit :

Pour la première partie, avec halte au lac de Bled en Slovénie je viserai l’Istrie et un passage par le Kvarner avant de rejoindre la Dalmatie. L’idée est de réaliser la visite de Plitvice sur le retour… Éliminez les étapes qui ne vous intéressent pas. Impossible d’être précis sans détails sur le temps de séjour …

https://goo.gl/maps/6o5Did96B8p

Pour atteindre le sud, depuis la dalmatie centrale, je partirais sur cette base en remontant par la république serbe de Bosnie (région de Trebinje) pour rejoindre Mostar :

Pour l’option de la remontée vers Plitvicka jezera, en terminant par Zagreb et avoir vu plusieurs facettes de la Croatie, je suivrais la voie blanche de la Via Dinarica avec de magnifiques de paysages, des rivières aux couleurs splendides… en partant du vert émeraude sur la Neretva, puis poursuivre par la Cetina, la Krupa jusqu’aux lacs de Plitvice